Caracterización genómica de caracteres productivos en razas geográficas de almeja fina (Ruditapes Decussatus)

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Descripción: La almeja fina es una especie autóctona de gran interés para el desarrollo del cultivo de almejas en España. La especie se caracteriza por un crecimiento lento y una gran susceptibilidad al parasito perkinsus. En proyectos anteriores utilizamos marcadores genéticos de DNA mitocondrial e intrones para un estudio genético poblacional y descubrimos la existencia de tres razas geográficas genéticamente diferentes (atlántico, mediterráneo occidental y oriental). En este proyecto nos planteamos profundizar el estudio de estas razas con relación a caracteres de interés para la producción. En primer lugar, se estudiara si existen diferencias entre las razas atlántica y mediterránea occidental para la tasa de crecimiento, la infestación por perkinsus y la maduración gonadal. Para ello se realizara un estudio de 2 poblaciones de cada raza en un diseño de common-garden replicado en 2 laboratorios. En segundo lugar, las muestras del experimento anterior se someterán a un estudio de genómica funcional, con el objetivo de, por una parte, detectar genes candidatos que expliquen la variación fenotípica observada en los caracteres estudiados a nivel interracial y/o interindividual, y por otra, determinar si existen pautas de expresión características de cada raza. Para ello se seleccionaran los individuos de cada población replicada que manifiesten los fenotipos extremos y se someterán a análisis transcriptómico mediante microarrays de oligonucleotidos. A continuación se seleccionaran 10-15 genes que presenten pautas de expresión de especial interés, y se medirá su nivel de expresión en todos los individuos de la población mediante pcr cuantitativo, para correlacionar estos valores con los valores fenotípicos de los caracteres productivos a nivel individual. Finalmente, se ampliara la caracterización genética de las poblaciones experimentales. Para ello se desarrollaran 30 marcadores snp distribuidos por todos el genoma, a partir de colecciones de ests ya disponibles, y se secuenciaran 6 genes candidatos de especial interés.

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